急速に向上しているコンピュータの処理能力と新たな理論やアルゴリズムの開発によって，生体高分子の構造やその機能を高精度にコンピュータ上でシミュレートすることが可能となってきている。
生体分子シミュレーションにより，アプタマーと標的分子との結合の分子メカニズムを明らかにし，アプタマー設計を論理的に設計する基盤を構築する。
量子化学計算と分子動力学計算により，アプタマーと標的分子との結合の分子メカニズムを明らかにする。
・量子化学計算による分子間相互作用の解析技術 ー 分子間相互作用を，量子化学に基づくフラグメント分子軌道計算により詳細に解析する技術を蓄積
・アプタマーをはじめとする様々な核酸医薬品分子の開発に
・分子シミュレーションを用いて，新規分子の設計開発
・生命現象の分子メカニズムの解明
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